Pas disfratave që pësuan
gjatë shek. XVII në ekspeditat kundër
kryengritësve malësorë, sundimtarët
turq më në fund hoqën dorë nga
përpjekjet e mëtejshme për të
vendosur me dhunë në krahinat malore regjimin
e timareve. Në vënd të ekspeditave
të armatosura ata u përpoqën të
merrnin masa të tjera. Qëllimi i këtyre
masave nuk ishte më vendosja në këto
krahina e regjimit të timarëve, i cili në
fakt po çthurej edhe atje ku ishte vendosur
më parë. Turqit synonin të shfrytëzonin
për interesat e politikës së tyre autoritetin
e kuvendeve dhe me anën e kuvendeve të rekrutonin
në shërbim të Turqisë forcën
luftarake të malsorëve të lirë.
Një nga masat më të rëndësishme
që morën sundimtarët turq për
këtë qëllim qe krijimi i institucionit
të bajraqeve në krahinat malore të
Shqipërise veriore dhe verilindore.
Qysh në pjesën e fundit të shek.
XVII, ata i ndanë krahinat malore të Shqipërise
veriore në njësi të vogla administrative
teritoriale. Këto njësi u quajtën bajraqe
(nga turqishtja bajrak=flamur). Në disa vise
bajraku përputhej me shtrirjen teritoriale të
fisit, kurse në disa raste, për shkak të
shtegëtimeve të malsorëve të ndodhura
në shek. XVII, bajraku perfshinte një varg
fshatrash të afërta, banorët e të
cilave nuk kishin lidhje fisnore midis tyre.
Në krye të çdo bajraku u emërua
një bajraktar (flamurtar). Ky do të përfaqësonte
banorët e bajrakut pranë autoriteteve shtetërore.
Bajraktarët u futën nën vartësinë
ushtarake të mytesarifit të Shkodrës,
Dukagjinit, Pejës ose Dibrës. Vetëm
bajraqet e krahinës së Mirditës u bashkuan
në një njësi administrative teritoriale
më të gjerë, në krye të së
cilës u emërua një kryebajraktar që
mori tillullin kapidan.
Me qëllim që të pakësohej autoriteti
i kreut të fisit, turqit. Zgjodhën si bajraktar
një nga malsorët e bajrakut, të cilin
e veshën jo vetëm me funsionet e përfaqësuesit
të sanxhakbeut por dhe me atë të udhëheqësit
ushtarak. Për t'i lidhur bajraktarët pas
politikës së saj, qeveria e Stambollit e
bëri funksionin e tyre të trashëgueshëm.
Më vonë ajo u dha atyre rroga, shpërblime
dhe grada.
Me krijimin e bajraqeve qeveria turke nuk ua cënoi
malësorëve privilegjet e vjetra. Përkundrazi
ajo ua konfirmoi edhe një herë këto
privilegje me kusht që malsorët të
njihnin bajraktarin si udheheqës, ushtarak dhe
ta pranonin në kuvendin e tyre.
Malsorët në fillim e kundërshtuan
pjesëmarrjen e bajraktarëve në kuvend.
Por me kohë filluan t'i pranonin, pasi bajraktarët
nuk ua cënonin kanunet e tyre. Me anën e
bajraktarëve, malsorët bënin me lehtë
presion pranë mytesarifit për të ulur
pagesën e haraçit, për të zgjidhur
problemin e kullotave dhe për çështjet
e tjera që lindnin nga marrëdhëniet
me administratën turke. Pasi hynë në
kuvendet e malsorëve, bajraktarët në
shumë raste zunë aty kryet e vendit pranë
kreut të fisit. Por sado që ishin përfaqësuesit
e mytesarifit, bajraktarët ishin të detyruar
të merrnin parasysh zërin e malsorëve,
të cilët e ruanin të drejtën e
tyre të vjetër për të zgjidhur
vetë çështjet e brëndëshme
me anën e kuvendeve. Bajraktarët ishin të
pafuqishëm të shkelnin normat e kanuneve
tradicionale të cilat përbënin pengesën
kryesore për depërtimin e ligjeve feudale-ushtarake
otomane.
Duke përfitruar nga varfërimi i mëtejshem
i malësorëve sundimtarët turq mundën
të siguronin një farë baze për
depërtimin tyre politik në krahinat malore
të Shqipërisë së veriut me anën
bajraktarëve, të cilët tani rekrutonin
më me lehtësi mercenarë nga radhët
e malsorëve të varfër. Duke marrë
pjesë në luftë si udhëheqës
të malsorëve mercenarë, mjaft bajraktarë
u pasuruan me shpërblimet që morën
prej turqëve. Me forcimin e pozitave, bajraktarët
filluan t'i shfrytëzonin malësorët
me forma gjysëm feudale. Kështu ata fituan
të drejtën të merrnin gjoba nga malësorët
kur këta nuk i respektonin kanunet.
Edhe në fshatrat e tjera të lira të
vendit, sidomos të Shqipërisë së
jugut u emëruan gjithashtu krerë të
tillë që u quajtën jo bajraktarë
por koxhabashë. Edhe këtu koxhabashët
u bënë përrfaqësuesit e pushtetit
në fshat. Por instituciomi i koxhabashit nuk
pati rëndësi pasi në radhët e
fshatarëve lidhjet patriarkale u çthurën
shumë shpejt. Vetëm në krahinën
e Himarës dhe të Sulit krerët e fshatarëve,
që mbanin titullin kapedanë, morën
pak a shumë tiparet që kishin bajraktarët
në veri.