Lufta dhe fitorja e Kara Mahmutit kundër
ushtrive turke si dhe hyrja në luftë e Austrisë
kundër Perandorisë Osmane në shkurt
1788, krijuan kushtet për afrimin e tyre të
mëtejshëm. Ky afrim ngjalli pakënaqësinë
e mjaft feudalëve të pashallëkut. Këta,
ndonëse e kishin përkrahur Kara Mahmutin,
nuk donin shkëputjen e plotë nga sulltani
dhe lidhjen me shtetet e krishtera evropiane kundër
Turqisë myslimane. Kjo pakënaqësi përfshiu
edhe vëllanë e tij, Ibrahim Pasha Bushatlliun.
Me ta u bashkua edhe udhëheqësi i tarafit
të Tabakëve, Tahir Agë Juka. Këtë
lëvizje kundërshtare Kara Mahmuti e theu
me vendosmëri. Ai ekzekutoi edhe disa nga udhëheqësit
e këtij grupi, midis të cilëve edhe
Tahir Agë Jukën.
Si kusht për të njohur Kara Mahmutin sundimtar
sovran në Shqipëri, qeveria e Vjenës
i kërkoi atij të bënte një marrëveshje
për të marrë pjesë luftën
që ajo i kishte shpallur Turqisë. Për
këtë qëllim qeveria austriake dërgoi
në Shkodër, në qershor 1788, një
delegacion të kryesuar nga fisniku De Broajar.
Në marrëveshjen e përfunduar parashikoheshin
veprime ushtarake të përbashkëta. Nën
komandën e kolonelit austriak Vukasoviç,
ushtri austriake dhe malazeze së bashku me ushtritë
Kara Mahmutit do të sulmonin prapa shpine ushtritë
turke në frontin e lumit Sava. Në përfundim
të bisedimeve të dy palët këmbyen
dhurata dhe delegacioni austriak i dorëzoi Kara
Mahmutit 50 mijë dukatë për të
përballuar shpenzimet ushtarake.
Mirëpo perandori i Austrisë zhvillonte një
politikë me dy faqe. Ai synonte të përdorte
Pashanë e Shkodrës vetëm për nevojat
e veta ushtarake. Nga njëra anë ai i premtonte
Kara Mahmutit njohjen si mbret të Shqipërisë,
nga ana tjetër po këtë premtim ia bënte
edhe mbretit të Napolit në se ky do ta ndihmonte
Austrinë me një ushtri prej 30 mijë
vetësh në luftën kundër Turqisë.
Veç kësaj, Vjena kishte lidhur 10 vjet
më parë, më 1774, me Malin e Zi një
traktat në të cilin, ndër të tjera,
në nenin 4, ishte vendosur: "Në qoftë
se territori Sërb do të çlirohet
nga turqit, Zeta e sipërme dhe e poshtme, kështjellat
e Podgoricës dhe Zhabjakut, si dhe i gjithë
territori deri në grykën e Bunës, do
t'u mbeten malazezëve".
Çështja në se Kara Mahmuti ishte
ose jo në dijeni të këtyre marrëveshjeve
të fshehta, nuk është skjaruar. Fakti
është se ky, pasi përcolli me nderime
delegacionin austriak, me anën e një komplloti
të organizuar me pabesi delegatët kur udhëtonin
në lumin e Bunës. Me vrasjen e tyre marrëdhëniet
me Austrinë u prishën menjëherë.
Arsyet e vrasjes ende nuk janë sqaruar, por siç
duket mosbesimi ndaj qëllimeve të Austrisë
si dhe reaksioni që shkaktoi në qarqet feudale
shqiptare dhe brenda në gjirin e familjes së
Bushatllijve aleanca me Vjenën, e detyruan Kara
Mahmutin të hiqte menjëherë dorë
nga ky afrim. Si duket vrasja e delegatëve i
nevojitej Kara Mahmutit për të qetësuar
qarqet feudale shqiptare dhe për të larguar
dyshimet e Portës së Lartë.
Në pranverën e vitit 1789 kur lufta po
kthehej në favor të Austrisë e Rusisë,
Porta e Lartë u përpoq të afronte Kara
Mahmutin me qëllim që të forconte me
anën e ushtive të tij frontin e Bosnjes.
Kara Mahmuti tani i trembej fitores së Austrisë
mbi Turqinë, prandaj pranoi të pajtohej
me sulltanin. Në gusht 1789 Sulltani e fali,
i dha atij titullin e vezirit dhe e dërgoi serasqer
(komandant) të frontit të Bosnjes duke i
lidhur dhe të ardhurat e vilajetit të Anadollit.
Njëkohësisht sulltani emëroi Ibrahim
Bushatlliun sundimtar të sanxhakut të Ohrit.
Afrimi me sulltanin qe një kthim prapa në
rrugën e zhvillimit të lirë që
kishte marrë Pashallëku i Shkodrës.
Kjo i shkaktoi atij humbjen e aleatëve malazezë
që kishin marrë pjesë në Kofederatën
Ilirike. Në fakt Konfederata Ilirike u prish.
Malazezët të nxitur nga Rusia sulmuan pas
shpine ushtritë e Kara Mahmutit kur këto
ndodheshin në Bosnje, pushtuan kështjellat
Shpuzës dhe të Zhabjakut, fundosën
dhe dëmtuan në liqenin Shkodrës mjaft
anije të Bushatlliut qe bënin veprime ushtarake
kundër tyre. Kara Mahmuti kërkonte të
merrej vesh me malazezët por bisedimet nuk i
dhanë rezultate.
Në tetor 1790 Kara Mahmuti u kthye nga fronti
i Bosnjes dhe në maj 1791, me urdhër të
sulltanit, ai u nis me ushtritë veta në
Vidin (Bullgari), ku mori pjesë në luftën
kundër austrikëve. Në Vidin qëndroi
pesë muaj. Në tetor u kthye në Shkodër
me një sasi të madhe të hollash dhe
material të shumtë luftarak.
Gjatë qëndrimit të Kara Mahmutit
në Vidin, midis Austrisë dhe Turqisë
u nënshkrua në Sistovo, më 14 gusht
1791, një paqë e veçantë, e
cila u përcaktua jo nga veprimet luftarake, por
nga gjëndja ndërkombëtare e ndryshuar
prej fitores së revolucionit të madh frëng.
Pas paqes së Sistovos Austria nuk paraqiste
më rrezik për Kara Mahmutin. Tashti ai nuk
kishte më arësye perse ta duronte vartësinë
e bezdisëshme ndaj sulltanit. Kështu, pas
dy vjet afrimi me Portën e Lartë, sapo arriti
në Shkodër, u kthye përsëri në
politikën e vjetër të pavarur. Si rrjedhim
marrëdhënjet me Stambollin përsëri
u prishën.