Fushata turke kundër derebejve
dhe feudalëve të pabindur të Toskërisë
ishte një paralajmërim për Pashallëkun
e Shkodrës. Megjithatë, Mustafa Pashë
Bushatlliun nuk pranoi të merrte anën e
feudalëve të jugut që kërkuan
ndihmën e tij. Ky qëndrim pasiv solli izolimin
e plotë të tij në fillim të vitit
1831 kur Porta e Lartë vendosi ekspeditën
kundër Shkodrës.
Më 4 janar 1831 sulltani ia hoqi Mustafa Pashës
të drejtën e qeverisjes së Ohrit, Elbasanit,
Dibrës dhe Dukagjinit të cilat i vuri nën
sundimin e sadriazemit, Mehmet Reshit Pushës.
Mustafa Pashës i njohu vetëm sundimin e
Shkodrës. Me të njejtin ferman sulltani
e urdhëronte Bushatlliun të pranonte në
Shkodër vendosjen e një garnizoni të
ushtrisë së re turke, dhe të fillohej
nga çarmatimi i popullsisë. Po në
atë kohë arritën në Shkodër
nëpunësit turq që do të vinin
në zbatim mënyrën e re të nxjerjes
së taksave.
Fermanin e sulltanit Mustafa Pasha e shtroi për
bisedim në një mbledhje përpara bashkëpunëtorëve
të tij feudalë dhe klerikë myslimanë.
Por këta qenë vetëm armiq të reformave
centralizuese turke dhe jo kundërshtare të
sundimit otoman. Ata vendosën t'i hidhnin poshtë
urdhërat e sulltanit jo sepse synonin krijimin
e një shteti shqiptar autonom, por sepse këto
urdhëra cënonin rendin tradicional. Urdhërat
e Stambollit Mustafa Bushatlliu i konsideronte si
bidate dhe qeveritarët e Portës së
Lartë i quante "armiq të fesë
e të mbretërisë".
Mustafa Pasha e hodhi poshtë fermanin e sulltanit.
Ndërkohë ai përgatiti ushtrinë
për mbrojtje dhe u dërgoi mesazhe bejlerëve
të Toskërisë që kishin shpëtuar
nga raprezaljet turke si dhe feudalëve të
Kosovës e të Bosnjes, për t'i rezistuar
së bashku ekspeditës së Mehmet Reshit
Pashës. Këtyre përgatitjeve sulltani
u përgjigj duke e shpallur Bushatliun "fermanlli".
Në vendin Mustafa Pashës, mytesarif i Shkodrës
u emeërua sadriazemi Mehmet Reshit Pasha, të
cilit iu ngarkua barra e drejtimit të ekspeditës.
Me parullën për një luftë kundër
"armiqve të fesë dhe të mbretërisë"
dhe me thirrjet që u drejtoi vetëm feudalëve
dhe shtresave fanatike myslimane, baza politike e
luftës kundër Turqisë u ngushtua. Mustafa
Bushatlliun e pasuan vetëm një pjesë
e feudalëve. Të tjerët ose qëndruan
mënjanë ose u bashkuan me Mehmet Reshit
Pashën. Feudalët boshnjakë i premtuan
Mustafa Pashës se do të ndihmonin me forcat
e veta.
Në mars 1831 Mehmet Reshit Pasha u nis nga
Janina drejt Shqipërisë së veriut.
Bushatlliu nxitoi të forconte mbrojtjen e Elbasanit,
Dibrës dhe Ohrit, por sadriazemi i pushtoi këto
qytete më parë se të vinin ushtritë
nga Shkodra. Shtabin me pjesën kryesore të
ushtrise sadriazemi e vendosi në Manastir.
Mustafa Pasha nuk qëndroi në mbrojtje
por vendosi t'i sulmonte forcat turke në Manastir.
Në fillim të prillit, i shoqëruar nga
7 pashallarë dhe nga prijsi i Mirditës,
Lleshi i Zi, doli nga Shkodra dhe në krye të
ushtrive të tyre u nis për në Përlep
ku do të takohej me forcat e feudalëve të
Bosnjes. Por forcat e Bosnjes nuk erdhën në
kohën e duhur. Sadriazemi, duke përfituar
nga vonesa e tyre, më 9 prill 1831 i sulmoi ushtritë
shqiptare në afërsitë e Përlepit
në një kohë kur ato nuk e prisnin dhe
i theu. Më 15 prill i theu përsëri
në Tikvesh. Më 21 prill 1831, në betejën
që u zhvillua në Babunë, me gjithë
heroizmin e mirditorëve, ushtritë shqiptare
u thyen shumë keq, sepse në çastin
vendimtar të betejës, Afzi Pasha, sundimtari
i Shkupit dhe aleat i Bushatlliut, tradhëtoi
duke kaluar në anën e ushtrive turke. Mustafa
Pasha la në fushën e betejës 2 mijë
të vrarë, 14 mijë, robër dhe gjithë
artilerinë. Ai vetë e braktisi pjesën
tjetër të ushtrisë dhe i pasuar nga
100-150 vetë, u nis me të shpejtë në
Shkup dhe se andejmi në Prizren për të
organizuar një ushtri të re. Por në
Kosovë nuk gjeti asnjë përkrahje, prandaj
u kthye në Shkodër.
Këtu Mustafa Pasha mundi të organizonte
me të shpejtë një ushtri të re
dhe u përgatit të nisej për Kosovë
ku do të takohej me ushtritë boshnjake,
drejt të cilave ishte nisur Mehmet Reshit Pasha.
Por ndërkohë në Ulqin zbarkuan ushtri
turke. Forca të tjera turke nën komandën
e Izet Mehmet Pashës po marshonin nga Maqedonia
për Elbasan e Lezhë, në drejtim të
Shkodrës.
Bushatlliu u detyrua të qëndronte në
Shkodër. Tani ky i kishte varur shpresat në
ndihmën prej 25 mijë ushtarësh që
i premtuan t'i dërgonin krerët boshnjakë.
Por Mehmet Reshit Pasha me veprime të shpejta
u doli përpara boshnjakëve dhe i detyroi
të ngadalësonin marrshimin e tyre. Mosardhja
e boshnjakëve në kohën e duhur e detyroi
Bushatlliun të mbyllej në kalanë e
Rozafatit.
Mehmet Reshit Pasha i sulmoi ushtritë boshnjake
në fushën e Kosovës. Këtë
radhë ushtritë turke u thyen, pasi ushtarët
shqiptarë që luftonin nën urdhërat
e sadriazemit kaluan në anën e boshnjakëve.
Me gjithë fitoren e korrur, komandantët
boshnjakë nuk i erdhën në ndihmë
Shkodrës.
Ushtritë turke nga Kosova arritën në
Shkodër dhe rrethuan kalanë. Në Lezhë,
ku vendosi shtabin e vet, Mehmet Reshiti priti disa
delegatë të qytetit të Shkodrës
të cilëve u premtoi qeverim të drejtë
dhe shpalljen e amnistisë duke përjashtuar
Mustafa Pashën dhe disa pashallarë të
mëdhej, Mustafa Pashë Bushatlliu me shokët
e vet qëndroi i rrethuar në kalanë
e Rozafatit për 6 muaj (maj-nëndor 1831).
Gjatë këtyre muajve veprimet luftarake pothuajse
u ndërprenë. Mehmet Reshit Pasha vendosi
ta detyronte Bushatlliun të dorëzohej nga
uria. Mustafa Pasha e zgjati qëndresën deri
sa me ndërmjetësinë e kancelarit të
Austrisë, princit Meternih, dhe pasi i premtoi
besnikërinë sulltanit, u fal nga Porta e
Lartë. Me faljen, Bushatlliu u dorëzua,
u nis në Stamboll dhe pastaj u emërua sundimtar
në krahina të rëndësishme të
Anadollit, poste të cilat i mbajti derisa vdiq.
Me dorëzimin e Mustafa Pashë Bushatlliut,
Pashallëku i Shkodrës, pashallëku i
fundit në Shqipëri, u shtyp. Me të
mori fund periudha 12 vjeçare (1820-1831) e
përpjekjeve të Portës së Lartë
për nënshtrimin e oxhaqeve dhe derebejve
shqiptarë, për të hapur rrugën
e vendosjes së autoritetit shtetëror turk
në Shqipëri.