Pasi u kthye nga Vidini në Shkodër,
Kara Mahmut Bushatlliu veproi në mënyrë
të pavarur, pa e përfillur fare autoritetin
e sulltanit.
Në dimrin e vitit 1791-1792 ai u përgatit
që të sulmonte Malin e Zi dhe të ndëshkonte
malazezët për lirinë e tyre, të
cilët i kishin shkaktuar atij shumë ngatërresa
gjatë kohës kur ndodhej në luftë
kundër rusëve. Sulmi kundër malazezëve
cenonte traktatin e Sistovos me të cilin Turqia
ishte zotuar të mos e prekte Malin e Zi. Por
Kara Mahmuti, pa marrë parasysh kushtet e traktatit,
në pranverën e vitit 1792, nisi kundër
malazezëve njerën pas tjetrës dy ekspedita,
të cilat përfunduan me dëme të
mëdha për Bushatlliun. Pas disfatave Kara
Mahmuti hoqi dorë përkohësisht nga
Mali i Zi dhe u drejtua në krahinat e Shqipërisë
së mesme. Këtu nënshtroi disa pashallarë
e bejlerë të cilët kërkonin të
shkëputeshin nga vartësia e tij. Gjatë
kësaj ekspedite ai vuri dorë mbi mukatat
dhe të ardhurat shtetërore të këtyre
krahinave, përzuri nga këto vise kadilerët
dhe sundimtarët e dyshimtë, të cilët
i zëvëndësoi me përkrahës
të tij. Në përfundim të kësaj
fushate, gjithë Gegëria, që nga kufijtë
e Malit të Zi deri në lumin Shkumbin, hyri
nën sundimin e plotë të Kara Mahmutit.
Porta e Lartë e këshilloi disa herë
Bushatlliun të hiqte dorë nga këto
veprime. Por Kara Mahmuti përsëri nuk ua
vuri veshin paralajmerimeve të Stambollit. Atëhere
sulltan Selimi i III vendosi të ndërhynte
ushtarakisht kundër tij. Krahas përgatitjeve
ushtarake, Porta e Lartë ushtroi një presion
të fortë mbi bashkëpuntorët e
Kara Mahmutit. Një pjesë e këtyre të
fundit u lëkundën. Në krye të
tyre qëndronte gjithnjë vëllai i Kara
Mahmutit, Ibrahim Pashë Bushatlliu. Duke e parandjerë
shpërthimin e afërt të reaksionit turk,
në tetor 1792 Ibrahim Pasha tradhëtoi dhe
shkoi në Stamboll ku i shprehu besnikërinë
e tij sulltanit.
Në fund të vitit 1792 Kara Mahmuti u shpall
për të tretën herë "fermanlli",
u shkarkua nga detyra e vezirit dhe u dënua me
vdekje. Në vënd të tij mytesarif i
Shkodrës u emërua i vëllai Ibrahim
Pashë Bushatlliu. Për të vënë
në zbatim fermanin e sulltanit, u ngarkua valiu
i Rumelisë Ebubeqir Pasha. Pashallarët e
Shqipërisë u urdhëruan që të
gjithë të merrnin pjesë në ekspeditën
kundër Shkodrës.
Pasi u përfunduan përgatitjet ushtarake,
Ebubeqir Pasha me një ushtri prej 30 mijë
vetësh u nis në fillim të verës
1793 në drejtim të Shkodrës.
Në këtë ekspeditë mori pjesë
edhe Ali Pashë Tepelena. Ai e shfrytëzoi
këtë rast jo vetëm për t'ia larguar
dyshimet sulltanit, por edhe për të nxjerrë
përfitime në dobi të pashallëkut
të vet. Gjatë marshimit për në
Shkodër ai shtiu në dorë kazanë
e Korçës dhe sanxhakun e Ohrit. Pastaj
siguroi nga sulltani fermanin e emërimit të
birit të tij, Myftar Pashës, mytesarif të
ketij sanxhaku duke e futur kështu me anën
e të birit edhe sanxhakun e Ohrit nën kontrollin
e vet.
Kara Mahmuti u doli përpara ushtrive turke
por nuk e ndaloi dot marshimin e tyre. Kjo e detyroi
atë të tërhiqej në Shkodër
dhe të mbyllej në kalanë e Rozafatit.
Ushtritë turke hynë në Shkodër
më 20 gusht 1793.
Kara Mahmuti me një ushtri të vogël
e vazhdoi qëndresën e tij në kështjellë.
Edhe këtë radhë u përsëritën
ngjarjet e vitit 1787. Ai u muar vesh me përkrahësit
e vet në Shkodër, Lezhë e në fshatra,
të cilët u hodhën në agimin e
28 nëndorit 1793 në kryengritje, në
të njëjtën kohë kur edhe Kara
Mahmuti bashkë me ushtarët doli nga kalaja
dhe sulmoi trupat turke. Qysh në çastin
e parë u mbyllën rrugët e qytetit dhe
ushtarët turq u izoluan në shtëpitë
e qytetarëve ku ishin strehuar. Pështjellimi
në radhët e turqve qe aq i madh sa Ebubeqir
Pasha u detyrua të luftonte vetëm sa për
të hapur rrugën e daljes së ushtrive
nga Shkodra. Pasi ndeshi në një pritë
tjetër në Lezhë, Ebubeqir Pasha së
bashku me mbeturinat e ushtrive të veta, u tërhoq
në mënyrë të çrregullt
në Elbasan dhe pak më vonë u largua
në Manastir.
Pas fitores Kara Mahmuti parashikonte se sulltani
do të dërgonte kundër tij ekspedita
të tjera, prandaj mori masa të shpejta mbrojtëse.
Por Porta e Lartë nuk i përsëriti më
ekspeditat. Nga njëra anë ato i kushtonin
shtrenjtë, por nga ana tjetër fitoret e
Kara Mahmutit inkurajonin te feudalët e tjerë
tendencën për shkëputjen nga sulltani.
Porta e Lartë provoi edhe këtë radhë
të afronte Kara Mahmutin për ta përdorur
kundër feudaleve të tjerë.
Bushatlliu u pajtua me sulltanin dhe me vëllanë
e tij, por vetëm përkohësisht. Në
të vërtetë ai nuk hoqi dorë nga
synimet e mëparëshme. Me pretekstin e nënshtrimit
të feudalëve të pabindur, në qershor
të vitit 1795 pushtoi Prizrenin duke luftuar
kundër koalicionit të feudalëve kosovarë.
Pak më vonë pushtoi edhe Dibrën, por
këtë e humbi përsëri në vjeshtë.
Duke përfituar nga gjendja e turbullt ndërkombëtare
që kishin shkaktuar fushatat e Napoleonit në
Itali, ai synoi të shtrihej edhe në tokat
e Dalmacisë të cilat ishin gjithnjë
në dorën e Venedikut. Por këtu pengesa
kryesore ishte Mali i Zi. Prandaj, Kara Mahmuti vendosi
të nënshtronte popullin trim malazez dhe
t'i shkëpuste një herë e mirë
Austrisë këtë aleat luftëtar.
Në verë të vitit 1796, në krye
të një ushtrie të madhe përbërë
nga dy divizione, Kara Mahmuti u nis kundër Palabardhit
në Mal të Zi. Beteja filloi në mëngjesin
e 11 qershorit. Edhe kësaj radhe heroizmi i popullsive
të lira të Malit të Zi shkaktoi disfatën
e Bushatlliut. Kara Mahmuti i plagosur u tëhoq
me humbje të mëdha. Ai filloi të organizonte
një ekspeditë tjetër por edhe kësaj
here dështoi. Përveç që humbi
një numër të madh ushtarësh dhe
oficerësh, këtë radhë ra edhe
vetë në luftë më 22 shtator 1796.
Menjëherë pas vdekjes së tij sulltani
emëroi mytesarif në Shkodër Ibrahim
Pashë Bushatlliun.